Desinfektion macht einen wesentlichen Teil der antiseptischen Arbeitsweise aus. Laut dem Deutschen Arzneibuch (DAB) bedeutet Desinfektion: „Totes oder lebendes Material in einen Zustand versetzen, dass es nicht mehr infizieren kann“.
Zur Desinfektion verwendet man verschiedene Desinfektionsmittel. Je nach ihrem Einsatzort werden Händedesinfektionsmittel, Flächendesinfektionsmittel und Instrumentendesinfektionsmittel unterschieden.
Technisch unterscheidet man zwischen Desinfektion und Sterilisation. Von Desinfektion spricht man bei einer Keimreduktion um einen Faktor von mindestens 10−5, das heißt, dass von ursprünglich 100.000 vermehrungsfähigen Keimen (sogenannten koloniebildende Einheiten (KBE)) nicht mehr als ein Einziger überlebt. Bei der Sterilisation dürfen höchstens 10−6 KBE auf einer Einheit des Sterilisierguts enthalten sein, sie ist also wesentlich wirksamer.
Bei der Desinfektion der Hände unterscheidet man zwischen der sogenannten „hygienischen“ und der „chirurgischen“ Händedesinfektion.
Wirkstoffe
| Wirkstoff | Bakterien | Sporen | Pilze | Viren | Anwendung |
| Peressigsäure | bakterizid | sporozid | fungizid | viruzid | Oberflächen, Instrumente |
| Chlordioxid | bakterizid | schnell sporozid | fungizid | viruzid | Oberflächen, Instrumente, Wasser |
| Wasserstoffperoxid | bakterizid | langsam sporozid | fungizid | viruzid | Oberflächen, Instrumente, Wasser, Haut, Schleimhaut |
| Natriumhypochlorit | bakterizid | sporozid | fungizid | viruzid | Oberflächen, Instrumente, Wasser |
| Chlor; Ozon | bakterizid | langsam sporozid | fungizid | viruzid | Wasser, Instrumente; Ozon für Fahrzeuge |
| Chloramin T | bakterizid | sporozid | fungizid | viruzid | Oberflächen, Wasser, Instrumente, Haut, Schleimhaut |
| Iod | bakterizid | langsam sporozid | fungizid | viruzid | Haut, Schleimhaut |
| Aldehyde | bakterizid | sporozid | fungizid | viruzid | Raum-, Geräte- und Flächendesinfektion |
| Ethylenoxid | bakterizid | wirkungslos | fungizid | viruzid | Oberflächen, Instrumente, thermolabile Arzneimittel, Lebensmitte |
| Alkohole | bakterizid | wirkungslos | fungizid | teilweise viruzid | Haut, Schleimhaut, Oberflächen, Instrumente |
| Phenole (Chlorxylenol, Triclosan) | bakterizid / bakteriostatisch | wirkungslos | fungizid | viruzid (variabel) | Haut, Schleimhaut, Oberflächen, Instrumente |
| Stickstoffverbindungen (z. B. quartäres Ammonium) | bakterizid (eingeschränkt bei Gram-negativen) | wirkungslos | fungistatisch | viruzid | Haut, Schleimhaut |
| Detergenzien | bakterizid (variabel) | wirkungslos | fungistatisch | wirkungslos | Haut, Schleimhaut |
| Chlorhexidin | bakteriostatisch | wirkungslos | fungistatisch | virustatisch | Haut, Schleimhaut |
Sporizide, Oxidationsmittel, Wirkstoffkombinationen
Ein Wirkstoff, der überhaupt Sporen keimunfähig machen kann (ein sporozider Wirkstoff, ein Sporizid), benötigt dafür eine Mindesteinwirkzeit, um die panzernde Hülle der Spore zu durchdringen. Diese erforderliche Einwirkdauer ist dann ein Maß für seine Effizienz als Sporizid.
Die in der Tabelle aufgeführten Sporizide Peressigsäure, Wasserstoffperoxid, Ozon und Natriumhypochlorit sind stark reagierende bzw. schnell zerfallende Oxidationsmittel. Sie müssen gegen Wärme und Licht geschützt aufbewahrt und chemisch stabilisiert werden, falls sie nicht gleich nach der Herstellung zur Desinfektion eingesetzt werden sollen.
Wasserstoffperoxid bildet mit Peressigsäure und Essigsäure eine „schnell“ sporizide Mischung, die durch die Essigsäure stabilisiert wird. Solche Mischungen werden nur im professionellen Bereich – Reinraumtechnik – eingesetzt. Als Beimischung zu Alkoholen kann Wasserstoffperoxid deren Wirkung bei der Händedesinfektion verbessern.
Wasserstoffperoxid ist als 3-prozentige wässrige Lösung zur Desinfektion von Haut und Schleimhaut geeignet, weil es nur Organismen an der Oberfläche tötet, im Gewebe hingegen durch Katalase/Peroxidase zersetzt wird. In höheren Konzentrationen (meist 30 %) wird es in Medizin, Pharmazie und Lebensmittelherstellung zur Sterilisation von Instrumenten und Behältern eingesetzt.

